Siikajoen pääuomassa esiintyy vaelluskaloistamme jonkin verran harjusta (istutettuna ja luontaisesti), nahkiaista ja joen alajuoksulla myös vaellussiikaa. Istutettuna Siikajoessa esiintyy taimenta, merilohta ja kirjolohta. Kirjolohta ja jonkin verran taimenta istutetaan pyyntikokoisena, mutta merilohen ja meritaimenen poikasia on aiemmin istutettu satunnaisesti lähinnä osakaskuntien toimesta. Istutusten tavoitteena on luoda luontaisesti lisääntyvä meritaimen- ja merilohikanta ja tukea olemassa olevaa harjuskantaa. Istutussuunnitelma on laadittu siten, että siinä otetaan huomioon aluekohtaiset erityispiirteet,
Siikajoen omia vaelluskantoja ei ole säilynyt viljelykantoina, joten istutuksissa käytetään maantieteellisesti lähimpiä saatavilla olevia ja soveltuvuudeltaan sopivia kantoja.